清代隨著曲阜世職知縣被廢，衍聖公保舉曲阜知縣的權力也隨之消失

曲阜知縣由延續了三百多年的孔氏世職，改為由政府題授流官擔任，這是一個重大的變革。從曲阜知縣開始任用孔氏族人開始，作為孔子後裔嫡裔子孫的衍聖公，實際上就一直控制曲阜知縣，這是由國家政策以及宗法制度決定的。隨著曲阜世職知縣這一定製被廢止，衍聖公保舉曲阜知縣的權力也隨之消失。

曲阜知縣任免方式的變化，和封建皇權與衍聖公雙方存在的矛盾，有莫大的關聯，曲阜知縣任用方式由衍聖公保舉堪用的世職，到以流官擔任的轉變，是中央政府逐步限制衍聖公權力與影響的結果。此外，封建社會的土地集中，以及大量人戶投靠地方豪強等固有矛盾，發展到清中期已是非常激烈。

這就需要統治者必須在統治階級內部，對某些關係進行調整，以便緩和矛盾的進一步發展。乾隆二十一年廢除曲阜知縣世職制度，正是由於皇權的進一步集中，以及統治階級內部矛盾激化等原因，互相交錯而產生的。在族譜纂修方面，衍聖公常常因為修譜干預地方事務，而受到皇帝的斥責與懲罰。

修譜本為家族內部的私事，但由於孔氏家族的特殊性，其修譜行為往往帶有強烈的政治色彩。孔府修譜往往帶有很強的目的性，衍聖公透過修譜加強對族人的控制，同時還以修族譜的名義向族人勒索錢財。清代，孔氏族人繁衍迅速，包括曲阜及其他省份擁有眾多的孔子後裔。

衍聖公想透過修族譜來控制廣大的孔姓族人，而清政府也需要廣大的百姓為其提供賦稅力役，因此，衍聖公與政府之間的矛盾就凸顯了出來。乾隆三十一年，衍聖公孔昭煥組織人員大修族譜，命孔姓族人孔繼袞到南方徹查孔氏宗支。孔繼袞以查敘宗支耽誤行程、缺乏盤纏為由，向衍聖公索要了七張委任奉祀生的空白札付，以期諮取盤費。

在孔繼袞查敘宗支時，因委任奉祀生並收取孔傳道等人錢財，被金堂縣查獲，將孔繼袞杖責一百，並罰徒刑三年。此事被金堂縣上奏朝廷，皇帝認為孔昭煥年幼無知，受人愚惑，輒以空白札付委交孔繼袞帶至江南覓人填給，甚屬不合。孔昭煥著交部嚴加議處，最終決定罰衍聖公孔昭煥九年俸祿以示懲罰。