「Nat.Communi」中國農大侯卓成組公佈野鴨北京鴨紹興鴨的基因組,揭示北京烤鴨為什麼這麼好吃的原因

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2021年10月11日,

Nature Communications

線上發表了

中國農業大學侯卓成課題組

題為“Three chromosome-level duck genome assemblies provide insights into genomic variation during domestication”的研究論文。該研究公佈了肉用型鴨種和蛋用型鴨種以及野鴨的染色體水平的高質量基因組,並發現了可能影響脂肪沉積的北京鴨特有的突變。該研究為鳥類進化和卵生遺傳提供了見解,並將成為未來鴨商業性狀遺傳改良的豐富資源。

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鴨子 ( Anas platyrhynchos ) 是人類食用肉和蛋的主要來源,也是羽絨的重要來源。最近的研究表明,大多數家鴨品種起源於大約 2200-2500 年前的野鴨。由於其世代間隔短、繁殖能力高和人工選擇的廣泛歷史,家鴨是剖析馴化遺傳機制的極好模型。與野鴨相比,密集的人工選擇導致家鴨內部和之間的表型非常多樣化,這是由於體型、繁殖和羽毛顏色的多樣化,產生了兩種主要的品種型別:肉用型鴨種和蛋用型鴨種。北京烤鴨(肉用型鴨)是世界標準品種,以生長速度快、脂肪沉積優越而著稱;另一方面,紹興鴨(蛋用型鴨種)以其繁殖能力而聞名,在蛋鴨養殖中得到了廣泛的應用。

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北京鴨(來源於網路)

馴化品種及其野生近緣種的高質量參考基因組對於瞭解表型差異的遺傳基礎至關重要。在雞和豬品種的野生祖先和馴化後代之間觀察到基因組大小和組織的改變以及大的結構變異 (SV) 。當前的鴨子參考基因組(BGI 1。0 和 CAU1。0)源自北京鴨,並且仍然需要進一步改進組裝質量指標,例如在片段大小和間隙數量方面。

該研究公佈了

野鴨、北京鴨和紹興鴨等三種鴨的非常高質量基因組

。新的基因組資料庫包含數千個新蛋白質編碼基因的註釋,並恢復了鳥類中大部分假定的“缺失基因”。如獲得了調節蛋殼生物礦化的 C 型凝集素 (CTL) 家族成員的完整基因組序列。

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同時確定了野生和馴養鴨種群中 3680 萬個全基因組水平變異(包括SNP、插入缺失、染色體結構變異等),並證明了NR2F2具有抗脂肪生成功能以及在北京鴨中發現可能影響脂肪沉積的NR2F2特有突變。綜上所述,該研究為鳥類進化和卵生遺傳提供了見解,並將成為未來鴨商業性狀遺傳改良的豐富資源。

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論文連結:

https://www。nature。com/articles/s41467-021-26272-1。pdf

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