R包VennDiagram的韋恩圖繪製及交集元素的提取
韋恩（Venn）圖是常見統計圖之一，用於展示各樣本（或分組）之間共有（或特有）元素的數量（或比例）。
例如做RNA-seq的最直接目的，大多是鑑定差異表達的基因。當試驗涉及到多分組情況時，常需要展示多組間共享的差異基因數量，這個時候就要使用到韋恩Venn圖。例如以下示例，植物組織中響應7天氮缺乏（-N_7d）、7天磷酸鹽缺乏（-Pi_7d）和鹽脅迫（d）、冷脅迫（e）或乾旱脅迫（f）的差異表達lncRNA的Venn圖。
文獻中的韋恩圖示例
文獻中通常提到，這些Venn圖一般透過一些R包（如VennDiagram）來做。
本篇教程，就讓小編帶您學習如何使用R包VennDiagram繪製Venn圖，以及如何統計各組元素的交集。
準備作圖資料
首先準備輸入資料。既然期望比較各組共有/特有元素，那麼就可以將各組中所包含的元素提取出來，貼上到一個新的列表中。
如下圖示例，一共包含4個分組，group1-4，下方是各組中所包含的元素名稱。各列不等長沒關係，某一列內有重複的值也沒關係，後續讀到R中後能夠自動識別並去除空值或重複值。
韋恩圖作圖檔案內容樣式R包VennDiagram的韋恩圖繪製
接下來，將該檔案讀到R中，繪製Venn圖。
VennDiagram包中的函式venn。diagram（），可以直接基於原始資料自動統計並繪製Venn圖。
#韋恩圖（VennDiagram 包，適用樣本數 2-5） library（VennDiagram） #讀入作圖檔案，all。txt即上述提到的記錄group1-4的元素名稱的檔案 dat <- read。table（‘all。txt’， header = TRUE， sep = ‘\t’， stringsAsFactors = FALSE， check。names = FALSE） #以2個分組為例 #指定統計的分組列，並設定作圖顏色、字型樣式等 venn_list <- list（group1 = dat$group1， group2 = dat$group2） venn。diagram（venn_list， filename = ‘venn2。png’， imagetype = ‘png’， fill = c（‘red’， ‘blue’）， alpha = 0。50， cat。col = rep（‘black’， 2）， col = ‘black’， cex = 1。5， fontfamily = ‘serif’， cat。cex = 1。5， cat。fontfamily = ‘serif’）
兩組交集韋恩圖
工作路徑下輸出一張圖片“venn2。png”，開啟就是繪製的Venn圖。
這是展示的兩組的，再展示一個四組比較的。
#以4個分組為例 #指定統計的分組列，並設定作圖顏色、字型樣式等 venn_list <- list（group1 = dat$group1， group2 = dat$group2， group3 = dat$group3， group4 = dat$group4） venn。diagram（venn_list， filename = ‘venn4。png’， imagetype = ‘png’， fill = c（‘red’， ‘blue’， ‘green’， ‘orange’）， alpha = 0。50， cat。col = c（‘red’， ‘blue’， ‘green’， ‘orange’）， cat。cex = 1。5， cat。fontfamily = ‘serif’， col = c（‘red’， ‘blue’， ‘green’， ‘orange’）， cex = 1。5， fontfamily = ‘serif’）
四組交集韋恩圖
同樣地，工作路徑下輸出一張圖片“venn4。png”，開啟就是繪製的Venn圖。
關於交集元素的提取方法
以上自動讀取原始資料，並統計各組之間的交集狀態，獲取共有元素的數量資訊後，繪製Venn圖，整個過程一氣呵成。
但是，如果期望獲得各組之間的交集元素具體包含哪些，並將這些交集元素的名稱輸出出來，應該怎樣做呢？
VennDiagram包中的函式get。venn。partitions（）可以實現這個功能，參考以下示例。
#繼續以上述4個分組為例，組間交集元素獲得 inter <- get。venn。partitions（venn_list） for （i in 1：nrow（inter）） inter［i，‘values’］ <- paste（inter［［i，‘。。values。。’］］， collapse = ‘， ’） write。table（inter［-c（5， 6）］， ‘venn4_inter。txt’， row。names = FALSE， sep = ‘\t’， quote = FALSE）
輸出交集元素名稱
工作路徑下輸出檔案“venn4_inter。txt”，可以用Excel開啟。
group1-4中，TRUE代表該組中出現的元素，FALSE則代表未出現的元素。
count為交集元素數量，values為交集元素名稱。
