《神盾局特工》第二季（下）
第11集：斯凱變異
神盾局消滅了懷特霍爾，特里普因此犧牲。神盾局的每個人都遭受了重創，斯凱暫時被隔離。九頭蛇專局正在商量如何選擇下一個九頭蛇頭目，巴克希此時被拘禁在神盾局。
雷納轉化成了邪惡勢力，殺掉了西蒙斯帶領的資料收集小隊。梅探員和庫爾森設局讓巴克希上當，以為自己被九頭蛇解救。
亨特假裝自己是九頭蛇的人，巴克希放下防備，立馬聯絡了九頭蛇專局。西蒙斯發現雷納的基因組被外星球的異物感染，她懷疑斯凱也被外星異物感染。
雷納找到斯凱的父親，憎恨他讓自己變成了現在這幅醜陋模樣。斯凱的父親得知斯凱已經化繭成蝶之後，十分開心。
雷納希望斯凱的父親能夠幫助自己，但是他並不合作。亨特將巴克希送到九頭蛇專局，芭比和他聊天。芭比坦承自己和麥克曾經參加過互助小組。
西蒙斯希望庫爾森能夠派人消滅雷納，斯凱知道這件事之後擔心不已。
雷納企圖自殺，菲茲懷疑斯凱也變成了非人類。斯凱生氣之下突然爆掉頭上的燈。
神盾局利用巴克希殺掉了九頭蛇的高層，巴克希知道後十分憤怒。菲茲拿到斯凱的DNA 檢測結果，發現她的基因和以前大相徑庭。但是菲茲替斯凱保守住了秘密，斯凱感動不已。
雷納因為自己的醜陋模樣傷心不已，正在她放棄時戈登將她帶走。
第12集：斯凱被外星人追殺
梅在訓練斯凱，斯凱擔心自己過於用力而傷害了斯凱，菲茲也在一旁提醒她。
亨特和芭芘兩人商量未來，麥克找到庫爾森，庫爾森直言可以將他調到外勤。此時葡萄牙來訊息，庫爾森趕往發現了之前的老同事希芙女士，但是她已經完全喪失了關於過往的記憶。
斯凱在網上找到一段希芙的影片，發現了她和一名陌生男人在碼頭打鬥的場面。庫爾森打算立馬尋找該陌生男人。
芭芘和斯凱在醫院找到了該陌生男子的蹤跡，沒想到該人力量十分強勁，斯凱因為生氣而發作，突然間整個房間震顫。斯凱將自己所見告知庫爾森，庫爾森十分好奇該人是誰。
斯凱想要把自己變異的訊息告訴庫爾森，但是菲茲建議她等對比結果出來再說。
梅查到重要資訊，原來該陌生男人就是克里人達克。達克就是來找發生了變異的人，斯凱知道紙包不住火，心裡十分擔心。此時神盾局因為斯凱的原因突然震顫，斯凱坦白自己也發生了變異。
希芙想要將斯凱帶走，但是庫爾森並不願意交出她。梅將斯凱轉移走，希芙和達克立馬前去追蹤斯凱。西蒙斯發現斯凱和蕾娜的DNA對比，菲茲撒騙過她。
斯凱無法控制自己，梅在一旁安慰她。庫爾森說服希芙不要帶走斯凱，希芙答應。
神盾局的人在處理因為斯凱留下的爛攤子，菲茲將斯凱的情況告訴了西蒙斯。
斯凱為了避免傷害別人，便決定要將自己關起來。
第13集：斯凱父親和庫爾森決鬥
斯凱的父親為了能夠和神盾局抗衡，便召集很多之前被神盾局列入名單的危險分子，其中的人要麼智商超群，要麼力大無窮。
斯凱逐漸能夠控制自己的內心，但是庫爾森和梅還是十分擔心，於是梅便去請了自己的心理醫生前夫來給斯凱做心理測評。
一開始斯凱十分抗拒心理測評，但是逐漸向梅前夫吐露自己內心其實十分害怕，她怕自己對神盾局的安全造成威脅。
斯凱的父親帶上召集的手下前去神盾局的牢監裡釋放了關押的極度危險分子，一行人開車前往庫爾森的故鄉威斯康辛。
庫爾森和芭芘前往牢監，發現囚犯已經被劫走，而且斯凱父親還在牆上留下了“繼續戰鬥”的字跡。庫爾森心裡明白一場戰鬥即將來臨。
庫爾森得知斯凱的父親在威斯康辛之後，便立馬帶上芭芘前往。梅得知庫爾森要和斯凱的父親決鬥之後，便立馬準備前去應付。此時斯凱出來，表示願意幫助神盾局與自己的父親為敵。
斯凱的父親來到一所高中，讓其中的一個超能力者弄暈了整個學校的學生。他以此來威脅庫爾森，庫爾森只有和斯凱父親當面對質。
此時梅突然帶著斯凱出現，並拿槍指著斯凱威脅她父親。斯凱父親擔心斯凱的安全，梅趁機解決了危險分子。
亨特被麥克關押在洗手間，亨特不明白為何麥克要對自己這樣，麥克解釋自己正在為神盾局的另一股勢力效力。
第14集：斯凱被送走
梅前夫勸神盾局暫時隔離斯凱，為了整個神盾局的安全。庫爾森和梅商量之後決定將斯凱轉移到一個小木屋，飛機上庫爾森和斯凱一番對話，試圖委婉地解釋自己的決定，斯凱對於自己被隔離十分生氣。科爾森給了斯凱一雙西蒙斯研發的手套，它可以幫助斯凱控制自己的能量。庫爾森希望她能夠原諒自己，並且承諾一定會想辦法將她解救出來。
在懷特霍爾被殺死之後，沃德和33號探員聯手，他試圖幫助33號探員找回自己。33號探員為了感謝沃德對自己的幫助，試圖易容成沃德喜歡的斯凱，但是沃德拒絕，他和33號探員商量去找現在被博爾特扣押的巴克希。
33號探員和沃德使用最新的易容技術變成博爾特的老婆潛進了基地，博爾特發現隊裡面出現了內鬼之後十分生氣，發誓要找出內鬼。沃德也趁機進入了基地，33號探員進入了巴克希所呆的牢房。
巴克希告知了33號探員關於她被九頭蛇洗腦之前的過往，她的原名叫做卡拉。
梅詢問麥克關於亨特的情況，麥克假稱現在還沒有亨特的訊息，梅將信將疑。
亨特知道芭芘在為新的神盾局效力之後，而自己只是芭芘的利用品而已。他心碎不已，希望芭芘能夠和自己一同離開，但是卻被芭芘拒絕。亨特試圖逃離，但是卻發現無路可走， 芭芘四處尋找亨特。
菲茲詢問斯凱的所在，但是庫爾森並沒有回答。菲茲詢問西蒙斯是否是她的意見讓斯凱離開。
博爾特告知庫爾森33號特工和沃德潛入了自己的基地，庫爾森保證自己一定會將沃德抓住的。庫爾森對於斯凱感到十分虧欠，梅和庫爾森都不相信麥克，麥克也意識到自己可能會有大麻煩。
芭芘建議讓自己重新回到神盾局，新的神盾局領導不置可否。卡拉和沃德決定要給巴克希洗腦，為自己所用。
第15集：斯凱被戈登帶走
當年神盾局受到九頭蛇的攻擊，麥克失去了自己的隊友蒂姆。神盾局所在的母艦已經淪陷，芭芘和麥克還在做垂死的掙扎。
芭芘告訴梅並沒有找到亨特，梅和庫爾森都已經懷疑麥克和芭芘。斯凱和西蒙斯影片，西蒙斯感到十分孤獨。菲茲對於斯凱被隔離起來十分不開心，而且將怒氣發在了西蒙斯身上。
庫爾森懷疑麥克，詢問麥克的意圖。麥克坦言自己為神盾局工作，庫爾森立馬指使人包圍了麥克。梅發現芭芘背叛了自己，便和芭芘打了起來，但最後麥克還是和芭芘逃走了。
斯凱在小木屋裡試了西蒙斯的手套，她試圖聯絡西蒙斯，但是卻沒有聯絡上。
此時戈登來敲門，斯凱打開了門。兩人一席長談，戈登詢問斯凱關於自己異能的感受，斯凱覺得十分難受。戈登告訴斯凱他能夠幫助斯凱掌握自己的異能，斯凱有點心動，稍後戈登消失。
西蒙斯設法抓住了西蒙斯，麥克找到菲茲。庫爾森在芭比的身上找到了弗瑞交給芭比的任務： 重建神盾局，庫爾森在等待梅的迴音。
新的神盾局控制了現有的神盾局，他們希望能夠找到斯凱。
斯凱在小木屋裡回想自己的戈登的談話，她脫下了西蒙斯為她做的手套，嘗試著控制自己的力量，她成功了。菲茲和西蒙斯被關押起來，羅伯特和庫爾森當面對質。羅伯特懷疑庫爾森對斯凱的所作所為是為了包庇外星勢力。
斯凱接到了梅的電話，梅告知斯凱神盾局正在追蹤斯凱。斯凱試圖逃跑，正在新的神盾局特工準備槍殺了她的時候，她使用了自己的超能力摧毀了一切。
斯凱召喚戈登出現，戈登將她帶走。
第16集：庫爾森尋找斯凱
庫爾森和亨特搶到了一輛車，二人一同前往尋找斯凱。
斯凱被戈登帶到陌生的地方，斯凱想要離開，但是卻被制止。羅伯特一定要毀了斯凱，芭芘建議他去找菲茲和西蒙斯幫忙。
菲茲和西蒙斯氣憤之下離開了神盾局。庫爾森到小木屋找斯凱，發現斯凱當時肯定反擊了。兩人檢視監控之後，發現斯凱已經被戈登帶走。
斯凱想要聯絡庫爾森，但是卻被告知只有戈登才能夠聯絡外界。斯凱詢問蕾娜和她父親的下落，但是沒有人告知她。
梅接受羅伯特的審問，梅一直站在庫爾森這一邊。亨特和庫爾森在小木屋喝酒，庫爾森對於現在發生的一切十分沮喪。
芭芘試圖說服西蒙斯開啟庫爾森留下的工具箱，但是西蒙斯拒絕。斯凱被告知轉化是不可逆的，斯凱只有學會好好控制自己的異能。
新的神盾局找到庫爾森和亨特，庫爾森和亨特打算要好好反擊。
斯凱詢問戈登自己父親和蕾娜的下落，戈登不願意透露。戈登找到斯凱父親，斯凱父親想要見斯凱，戈登拒絕。
西蒙斯正在試圖解開工具箱，菲茲知道後十分生氣。 庫爾森叫的後援出現，他順利帶走了庫爾森和亨特。
斯凱想要學習控制自己的超能力，她從林肯口中得知蕾娜就在自己附近。她立馬衝出去找蕾娜，當她看到蕾娜變成現在怪獸的樣子之後，斯凱對付蕾娜，此時嘉穎出現。
菲茲離開神盾局，西蒙斯為她送行。
第17集：斯凱和母親相認
七年前，庫爾森和梅被分配到抓捕一個俄國超能力者的下落。同時，他們商量著一項秘密行動。
芭芘詢問梅是否知道庫爾森的秘密，梅拒絕回答。嘉穎和斯凱聊天，嘉穎勸斯凱好好掌控自己的能力，便讓她對著一座山練習。
斯凱的力量之強大，竟然讓對面的雪山崩塌，斯凱也對此十分驚異。
庫爾森找到間諜，現場一片混亂。
斯凱的訓練十分順利，斯凱詢問林肯關於嘉穎，但是林肯也不知道更多細節。芭芘想要說服梅將計劃說出來，但是梅拒絕合作。
戈登正在給蕾娜訓練，但是蕾娜並不願意再躲在籠子裡。蕾娜覺得自己和斯凱相比，實在是運氣太差。
嘉穎繼續訓練斯凱，斯凱想起了自己小時候在寄養家庭的慘痛經歷，她還提起自己在神盾局的經歷。
嘉穎提起斯凱的生氣，原來她就是斯凱的母親，斯凱突然間不知所措。斯凱的母親提起之前斯凱消失後自己所經歷的恐懼和絕望。
梅回來和西蒙斯碰面，梅安排西蒙斯去尋找新的神盾局的秘密。
梅正在外面和庫爾森一起執勤，上級不同意梅單槍匹馬進去救人質，梅一意孤行，衝進去救人。
西蒙斯提到庫爾森有秘密沒有告知梅，梅知道後也不敢相信。 梅立馬要求西蒙斯開啟工具箱，西蒙斯合作。
蕾娜想要離開自己的房間，但是戈登並不同意。嘉穎邀請斯凱和她父親一起吃飯，斯凱勉強答應。在吃飯的時候，斯凱父親提到她已經26歲了。
第18集：斯凱回到地球
菲茲將工具箱帶走，庫爾森和亨特接應。
斯凱的父親卡爾和嘉穎談話，他希望嘉穎能夠重歸過去。斯凱覺得那晚的晚餐還不錯，所以她並不希望嘉穎將卡爾送走，斯凱想要和嘉穎就此談談。
芭芘和麥克在訓練，兩人就庫爾森的事情一番商量。西蒙斯向梅坦誠自己複製了工具箱，而真的工具箱在菲茲的手上，梅也將這件事情告訴了芭芘。
庫爾森找到33號特工，就此找到了沃德。庫爾森和沃德談條件，沃德答應。菲茲因為庫爾森和沃德合作而十分生氣，幾乎要和沃德動手。
斯凱找到嘉穎商量關於卡爾，嘉穎不答應將卡爾繼續留下去。沃德將巴克希介紹給庫爾森，
斯凱找到卡爾，他十分開心。斯凱說服嘉穎將自己和卡爾一同送往地球，兩人相談甚歡。巴克希進入了新的神盾局的總部。斯凱偷了路人的一部電話，通知梅自己現在正在地球上，梅立馬定位斯凱。
原來九頭蛇也在尋找斯凱，庫爾森十分擔心。林肯跟隨斯凱，卡爾得知自己要被排氣之後十分生氣，將林肯摔了出去。
巴克希帶領九頭蛇來找斯凱，他們一行人被包圍。庫爾森立馬出動找斯凱，此時巴克希出現，將林肯和異能戰士都打倒。
庫爾森和沃德見到了斯凱，但是戈登出現帶走了她。庫爾森假裝投降，闖進了新的神盾局。
第19集：神盾局九頭蛇決鬥
蕾娜做夢夢到了林肯和戈登，斯凱和卡爾回來找嘉穎，卡爾責備嘉穎就這麼流放自己。戈登想要回去找林肯，但是他已經被九頭蛇找到。
庫爾森和羅伯特見面，庫爾森和他談條件。斯凱想要救會林肯，但是嘉穎害怕會為此付出代價，蕾娜決定要自己親自去救林肯。
林肯想要逃走，巴克希和九頭蛇頭領商量該怎麼處理林肯和死亡戰士。庫爾森想要先潛入九頭蛇，原來就是菲茲和亨特。庫爾森將沃德帶回了神盾局，庫爾森發現死亡戰士已經被九頭蛇處理了。
庫爾森仍然相信巴克希，覺得只有這樣才能夠打入九頭蛇。庫爾森打算炸燬九頭蛇在北極圈的基地，羅伯特贊成。
菲茲和西蒙斯聊天，西蒙斯不贊成帶沃德行動，她想要炸死沃德。梅責怪庫爾森對自己撒謊，庫爾森向梅解釋。斯凱想要戈登去救林肯，但是戈登覺得並不可行，蕾娜說服二人。
西蒙斯要跟隨神盾局出戰，此時斯凱出現。大家都十分關心斯凱的情況，庫爾森召集大家開會。沃德看見大家都如此仇視自己，試圖想要為自己開脫。
嘉穎和卡爾聊天，嘉穎向卡爾道歉。亨特和麥克聊天，兩人解開心結。九頭蛇試圖攔截神盾局的戰艦，神盾局進入了基地，巴克希為他們提供了情報。
西蒙斯為死亡戰士療傷，他告訴斯凱之前林肯被人帶走了，斯凱立馬去救他。斯凱想要救活林肯，但是卻沒用。西蒙斯想要殺了沃德，但是卻誤傷了巴克希。
斯凱將林肯帶走，羅伯特對庫爾森的進展十分滿意。
第20集：神盾局進攻異人族
庫爾森提議要統一神盾局，羅伯特答應。斯凱陪著林肯，他醒過來之後十分生氣，覺得在神盾局知道他們的存在之後會十分危險。
蕾娜預知未來的能力幫助戈登不少忙，她預言到將來他們很可能會被消滅，嘉穎和戈登商量對策。戈登和蕾娜找到可能會消滅他們的戰艦，沒和芭芘出現。
嘉穎詢問卡爾關於蕾娜的情況，卡爾覺得蕾娜十分危險。亨特發現了蕾娜和戈登，二人立馬逃走。神盾局決定要使用他們的超級航母來對付這一切。
庫爾森詢問斯凱關於林肯的情況，斯凱十分抗拒，最後和梅吵了一架。羅伯特研製了可以定位戈登的系統，他想要消滅異人族，庫爾森覺得這樣要先調查清楚。
卡爾因為戈登和蕾娜沒能夠帶回斯凱而十分生氣，斯凱因為自己的尷尬身份而十分迷失。梅和庫爾森因為斯凱的事情而大吵一架。
蕾娜預言到神盾局立馬就要來向他們開火了，蕾娜決定要單獨行動。戈登帶林肯和斯凱回去，嘉穎立馬詢問她關於神盾局的情況。
神盾局大家都不同意由庫爾森去解決異人族，最後由羅伯特帶頭。卡爾和嘉穎為了保護撕開的安全，他們決定要和神盾局決一死戰。嘉穎對蕾娜的行為十分不滿，便將她關押了起來。嘉穎決定使用卡爾作為誘餌和神盾局對話，羅伯特和嘉穎對話。嘉穎憎恨當初懷特霍爾對她所做的一切，此時她拿出武器殺掉了羅伯特。
第21集：嘉穎真實目的顯現
嘉穎殺了羅伯特，她拿羅伯特的槍朝自己開了一槍，她出去告訴斯凱是羅伯特朝自己開的槍。戈登劫持了神盾局的戰艦，並且朝嘉穎開火。這一切激怒了斯凱，此時梅趕到，斯凱和沒動手。
庫爾森也十分困惑，他覺得羅伯特肯定不會這麼蠢。斯凱為自己夾在嘉穎和神盾局之間十分沮喪，此時她找到蕾娜。蕾娜告訴在將來斯凱會成為他們異人族的領袖，而現在嘉穎只是在誤導族人。
庫爾森擔心現在斯凱站在了嘉穎那一邊，梅也不得不低頭。沃德和33號特工劫持了芭比，亨特和菲茲都在找她。
斯凱和嘉穎對話，嘉穎希望斯凱能夠和自己站在一起和神盾局作戰。33號特工好奇為何當初芭比會將她出賣給九頭蛇，芭比告訴她自己這麼做是為了要打入九頭蛇。
嘉穎和蕾娜談話，蕾娜告知她自己馬上就要將嘉穎的計劃告訴所有人，嘉穎十分生氣，出手殺了蕾娜。此時斯凱出現，她看到嘉穎殺了蕾娜，她立馬和嘉穎吵了起來。
嘉穎派人將斯凱監禁起來，同時處理掉了蕾娜的屍體。庫爾森審問卡爾，原來卡爾此次來就是為了幹掉神盾局。
沃德折磨芭比，但是她並不願意向33號特工投降。庫爾森試圖說服卡爾，但是他並不願意相信嘉穎是壞人，此時他暈了過去。在西蒙斯給他打了一陣之後，他變成了怪物。
嘉穎的手下出現在神盾局，他們幹掉了神盾局的很多人。庫爾森設法困住了卡爾。
大結局：戰鬥結束
麥克找到斯凱，將她從監禁中釋放了出來。嘉穎要求神盾局的人延長密碼的時間，但是沒有人願意投降。
亨特和梅尋找芭比，亨特找到芭比，但是沃德在房間裡設定了機關。 芭比犧牲了自己救了亨特，導致她身中一槍。沃德誤殺了33號特工，她十分自責。
林肯對嘉穎的所作所為十分沮喪，戈登勸他繼續站在嘉穎這一邊。梅和亨特將芭比帶回神盾局，西蒙斯立馬去搶救她。
林肯發現斯凱已經逃了出來，斯凱告訴他所有關於嘉穎的秘密。林肯將晶體的所在地告訴了斯凱，麥克立馬去尋找晶體。
梅給她前夫打電話，兩人一陣寒暄。西蒙斯向菲茲表白，但是菲茲並不願意在關鍵時候討論私人感情。
梅對於庫爾森帶上卡爾而十分生氣，庫爾森堅持卡爾會幫助他們的。麥克找到晶體，此時戈登出現想要找到帶走晶體。庫爾森和菲茲出現，帶來了菲茲研發的干擾器，它可以限制戈登。戈登被困住，麥克和庫爾森出手。
斯凱找到嘉穎，希望能夠制止她。嘉穎出手想要殺了斯凱，斯凱反抗，兩人正在爭執間，卡爾出現殺了嘉穎。
庫爾森的手因為接觸到晶體而黑化，麥克及時砍掉了他的一隻手。芭比醒來，亨特在一旁陪著她。
梅休假出門，卡爾在庫爾森的安排下成了一民寵物醫生，而且他對於過去已經沒有記憶。卡爾和斯凱兩人聊天。斯凱接下庫爾森的交代，西蒙斯和菲茲準備兩人約會。
此時突然間警惕從隔間裡出來，將西蒙斯吸了進去。
本季終。
